Alf Christophersen

English version

Hvem er jeg?

Alf Christophersen
  Hei! Jeg er ansatt ved Medisinske basalfag, Avdeling for ernæringsvitenskap i 1/2 stilling som avdelingsingeniør.
Tidligere het min arbeidsplass frem til 1995 Nordisk Høgskole for Husholdningsfag, Ernæringslinjen, og var en del av Ernæringsinstituttene på Institutt for Basalmedisin. Deretter, etter flytting til Gaustad, til Domus Medica, fikk instituttet navnet Johan Throne Holsts institutt for ernæringsforskning. Etter sammenslutning av diverse institutter ved Basalmedisinsk heter det nå Avdeling for Ernæringsvitenskap.

Prosjekthistorikk  

Arbeid

Acticalc32

Siden februar 2004 har jeg arbeidet konsentrert om utvikling av Acticalc32 som i dag blandt annet kan plotte fysisk aktivitet som funksjon av tid, f.eks. pr time, representert som PAR-verdier og fordeling av beregnet PAR på liggende, sittende, foroverbøyd og stående aktiviteter, samt om det er snakk om lav aktivitet (Aktivitetsfaktor < 0.1), medium aktivitet (0.1-0.9) og stående aktivitet (>0.9).

Programmet kan integrere fysisk aktivitet målt i PAL pr integrasjonsperiode og ut fra målt eller beregnet BMR, kan energiforbruk pr integrasjonsperiode og over hele døgn og måleperiode beregnes.

Totalt X grafiske fremstillinger er tilgjengelig.

I tillegg kan man endre observert fysisk aktivitet til en høyere eller lavere verdi for gitt periode og studere hvilke effekter dette vil gi på PAL og totalt energiforbruk for å se hvor mye mer energiforbruk kan man oppnå ved å endre livsstil.

Et filter kan også vise i hvilke tidsrom og hvor mye av dagen man f.eks. er mer aktiv enn 6xBMR i minst 10 min sammenhengende, eller over 3xBMR i minst 30 min. sammenhengende.

I energiberegningen inngår både observert dominerende posisjon i integrasjonsintervallet på 1 min, gjennomsnittlig aktivitet i tidsrommet og sum målte posisjonsendringer. Posisjonsendringer har flere fysiske bakgrunner. Den viktigste oppstår ved sykling der legg veksler for hver runde med pedalen mellom horisontal og tilnærmet vertikal, alt etter hvor høyt setet står i forhold til tråene. Sykler man raskere enn 60 Hz med pedalene vil Actireg være mettet og man observerer sittende stilling i ro, men med høy aktivitet på lårmåleren. Hvis man sykler på landevei vil det også bli registrert aktivitetsdata på brystmåleren.

Nedenfor finner du en referanseliste til artikler som helt eller delvis har benyttet Actireg til å måle fysisk aktivitet.

Mer om ActiCalc32 finner du her

Heart

Dette var første steg i forbindelse med å lage metode for å måle energiforbruk over hele perioder. Programmet ble først laget i Turbo Pascal for Windows 6 og Borland Pascal Professional 7 og til slutt i Delphi 1, dog i BPW 7 modus.

Første versjon beregnet energi vha. å samle og bearbeide Polar pulsklokkedata og da første Actireg ble tilgjengelig ble det laget program for å beregne ved å kombinere Polar-data med data fra Actireg posisjoner. Tidsoppløsning for første Actireg var 2 sekunder og registrerte kun posisjoner.

Senere kom det en ny Actireg som økte oppløsning til sekunds nivå og samlet også aktivitetsdata. Pga. størrelse på kildekoden til Heart og 16-bits kompilator ble kompilatorens kapasitet sprengt samt at det ble oppdaget bugs ved utregning som ikke lot seg fikse i Delphi 1. Det var derfor på tide å gå over til 32-bits teknologi. Første forsøk på å overføre kode fra BPW 7 til Delphi 2 startet forholdsvis raskt etter at denne kom på markedet rundt 1997. Men da instituttet prioriterte min tid til å hjelpe de andre ansatte ble prosjektet mer eller mindre liggende på is til 2003. Da ble tidsbruken omprioritert og prosjekt Acticalc32 startet opp, men fikk en pause til 2004 pga en lengre sykmelding som følge av en blodforgiftningsepisode og diabetes.

Indcal Før utviklingen av Heart var Indcal lenge hovedprosjektet, et arbeide som foregikk lenge parallellt med min hovedoppgave, da måleenheten for digitalisering av måleinstrumentene var det samme som ble utviklet i min hovedfagsoppgave ved Inst. for Biokjemi i ZEB-bygget, "Databehandling i Biokjemi", forsvart mai 1985.
Referans

Mine kolleger hadde på 80-tallet behov for oversikt over artikler i bokhyllene samt referanser til litteratur generelt.

Referans var derfor et tidlig referansesystem utviklet først i Vista 8 og senere i Vista 16 da dette ble tilgjengelig på DOS-maskiner

I tillegg til tabell for selve referansene hadde det også tabeller for periodika-typer og biblioteker som hadde disse periodika og bøker

Det støttet de aller fleste publikasjonstyper og hadde import/eksportmuligheter samt utskriftsmuligheter på ymse formater

Instref

I forbindelse med at Kaare Norum var dekan ved det Medisinske fakultet, fikk jeg forespørsel om Referans kunne brukes til å lage referansekartotek for det medisinske fakultet.

Dette ble da kalt Instref og bygde på Referans, men utvidet med støtte for kategorisering av referansene og ble således det første systemet tilgjengelig for å lage et tellekantsystem for styring av tildeling av forskningspenger innad fakultet. Dette ble senere erstattet av system laget ved USIT og dette har senere kommet i flere versjoner.

Lager

Dette var omtrent første programmeringsjobb jeg gjorde utenom Indcal.

Da Ernæringsinstituttet hadde mange ansatte og mange prosjekter, var økonomistyring og kjemikaliebestilling- og oversikt en stor arbeidsoppgave som ble ytterligere komplisert ved den lange tiden det tok fra man sendte inn fakturaer til kvesturet til man fikk rapporter over balanse i budsjettet.

Lager ble utviklet på Altos 8000/5 Z80A basert 8-bits maskin i det norske databasesystemet Vista 8.

Primæroppgaven var å lagre bestillinger og fordele de innkomne fakturaer på den enkelte gruppe som hadde bestilt de enkelte varer.

Pga. at maskinen ble brukt av flere viste det seg at å kontrollere varer ned til den enkelte kjemikalie ble bare økonomidelen benyttet.

Systemet støttet mulighet for detaljert bruksoversikt ned til personplan og en persons bestillinger kunne tilknyttes fritt antall prosjekter (neppe populært i dag :-) )

Databasen ble brukt til å fordele budsjettet for året på månedlig nivå og programmet ga varsel om overskridelser umiddelbart da det holdt full oversikt over både betalte, fakturerte med ikke anviste, samt ikke-leverte varer og nye bestillinger kunne derfor ikke foretas om det bli overskridelser av tildelt budsjettkvote. Bruker måtte da justere bevilget kvote etter avtale med bestyrer/instituttråd.

Systemet var i bruk inntil staten forbød skyggeregnskapssystemer.

Studentopptak

Et interessant prosjekt var å lage et databasesystem for å registrere opptaksdata ved opptak til Ernæringslinjen. Programmet kunne registrere eksamener og arbeidserfaring og disse kunne da tildeles opptakspoeng etter gitte, faste kriterier.

Ved utskrift fikk man en vektet oversikt over prioriteringsfølge av opptaket.

Det støttet også mulighet til å holde orden på karakterer underveis i studiet og beregne prioriteringer på hvert kullopptak underveis.

Systemet ble relativt raskt erstattet med prosjektet for samlet opptak i norske høyskoler.

Verktøy

Jeg programmerer for tiden for det meste i Borland BDS 2006 Pro versjonen. Tidligere ble Delphi 5 pro mye brukt og før Delphi eksisterte, Borland Pascal for Windows.

Nåværende Delphi 2006 er finansiert av DIS-Norge som jeg ellers på fritiden lager programmer for. Der har jeg laget det forrige medlemsstyringsverktøyet DISadmin som nå er erstattet av et kommersielt system. Dette ble laget i php.

Styringssystemet er nå omdøpt DISreffadmin og styrer DIStreff-tjenesten, i særdeleshet det Delphi-baserte verktøyet GEDtreff som i disse dager kommer som GEDtreff 2011 v. 5.

Dette programmet lager datasettene til DIStreff-basen, men produserer også analyser av bidragsyters slektsdata for å kunne forbedre sine registreringer og finne spor av ukjent slekt.

Tidligere verktøy

Første maskinen jeg jobbet med i lønnet arbeide, var en Luxor ABC80 som på mange vis var en sann fryd å arbeide med, selv om det innebyggete språket var Basic.

Den var utstyrt med to floppystasjoner og boks for eksterne målekort. Den kunne også utstyres med harddisk, men denne var svært dyr.

Av eksterne kort var 12 bits ADC-kort med programmerbar forforsterker, i området 1x til 128x den viktigste komponenten. Den var også utstyrt med et 12-porters DAC-kort for styring av releer. Disse ble da brukt for automatisk kalibrering av måleutstyret.

Omkring 1982 ble det innjøpt en Altos 8000/7 4-brukers mikromaskin basert på Zilog Z80A, en 4.1 MHz 8-bits CPU.

Hovedprogrammet på maskinen var WordStar, men ble etterhvert også utstyrt med Digital Research Pascal MT+ som ble brukt til å utvikle flere programmer til felles bruk, samt at jeg brukte den i min hovedoppgave.

Jeg var ansvarlig for driften av maskinen så lenge den eksisterte frem til strømmen ble skrudd av ved flyttingen i 1995. Siste programmeringsprosjekt jeg drev med på den var å lage en versjon av filtransportverktøyet SAFT for MP/M 1.12 og dette ble da brukt for RS232-basert linjeoverføring av brukernes Wordstar-manus til en Olivetti M24 DOS-maskin og konvertering til WordPerfect 5.

Etter hvert som ansatte og studenter fikk adgang til PC'er ble jeg hyppig konsultert ang. å få skrivere til å fungere med WordPerfect og ved investering i Windows, samme problemstilling der.

Siden dette gikk tildels utover arbeide med programutvikling ble det mye ubetalt nattarbeid for å være ajour.

Annet

Jeg hjalp tidligere også andre ansatte ved instituttet med å bruke sitt edb-utstyr og har i perioden 1983 til 1995 vært ansvarlig for å tilknytte ansatte og studenter til nettet i den grad det har vært tid og muligheter for dette. Dette ansvaret er nå overlatt til instituttets EDB-konsulent og i senere tid instituttets IT-ansvarlige, men ved ledige stunder har jeg også frem til 2003 hjulpet til der.

Da jeg er ansatt i 50% stilling jobber jeg på kontoret annenhver uke. Resten av tiden er jeg hjemme på Sørlandet. Ukependler mao. Telefonsvareren min forteller deg hvorvidt jeg er på jobb i Oslo eller hjemme på Sørlandet, dog er mobilen min normalt alltid på, se telefonkatalogen om det er av interesse.

Utdannelse

Etter utdanning ved Tvedestrand Gymnas 1969 begynte jeg først på Realfag ved UiO, men hoppet av dette ved utgang av høstsemesteret 1971 og gikk da først 1/2 år som hospitant ved Driftslinjen ved Oslo Tekniske Skole, hvor rasjonering og måleteknikker for bedømming av rasjonaliseringstiltak i industri var hovedtemaer.

Fra høsten 1972 til vår 1974 studerte jeg ved Maskinlinjen, OTS. Parallellt med OTS tok jeg også flere eksamener innen EDB og gikk opp til eksamen i tilsammen 6 fag i løpet av 10 dager :-)

Etter 3/4 års vikariat ved ungdomsskolen på Træna (alle lovede arbeidsplasser som ingeniør alle hadde skrytt av i 1972 var da i mellomtiden blitt besatt av overkvalifiserte sivilingeniører fra Sverige pga. krakk i arbeidsmarkedet der rundt 1973, så ingeniører som ikke allerede hadde familiebedrifter å bli ansatt ved måtte mange ta tilleggsutdannelse eller andre jobber), gikk jeg så tilbake til UiO hvor jeg tok ferdig lavere grad i kjemi og informatikk og begynte hovedfag i biokjemi, retning enzymologi. Pga. problem med innkjøp av risikokjemikalier som diaminobenzidin og vansker med rensing av uspesifikk adenosin deaminase fra Aspergillus oryzae (de fleste preparater viste seg å være renset for dette enzymet og hadde svært lang bestillingstid) så ble tiden benyttet til programmering av forskjellige måleteknikker. I og med det til slutt viste seg at enzympreparatet som inneholdt uspesifikk adenosin deaminose kostet for mye, ble COMT-prosjektet skrinlagt og hovedoppgaven i stedet endret til "Databehandling i biokjemi".

 

Assay

Hjelpeprogram for å sette opp fulle enzymassays med angivelse av mengde uttak av hvert substrat som enten er variert eller fast under et flersubstratforsøk

For å sette opp et fullt modellstudie av et enzym, med utregning av konsentrasjoner og volumuttak for hvert enkelt måleassay ble det laget en tilleggsenhet til Enzymlab som kunne sette opp inntil en 10x10x10 matrise for studier av inntil 3-substrats enzymer.

Ferdig ifyllte datasett kunne så leses av Enzer og inntil 3. grads ikke-lineær polynomtilpasning med minste kvadraters metode kunne da tilpasse de kinetiske parametere i en hurtig-likevekt enzymsystem (rapid equilibrium)

Enzym

Prosjekter her var Z80A-basert assembly programmert digitaliseringsrutine av vilkårlig ADC-port (16 porter mulige) med individuell forhåndsforsterkning og innstilling av disse basert på optimal forsterking ved forrige gangs avlesing av samme kanal.

Dette assemblyprogrammet var kjernen også Indcal

Kinetikk

Videre behandling av observert og beregnet initialhastighet for reaksjonssporet skjedde så i et ABC80-basic program .

De observerte data ble så foret inn i INAKT når det gjaldt inaktiveringskinetiske analyser, et publisert, Simula-67 basert program som gikk på Digital Equiptment DEC10-anlegget sentralt eller ble brukt til enzymmodelleringsprogrammet Enzer som ble laget i Fortran IV.

Inakt

Inakt ble skrevet i Simula 67 på universitetets DEC10-anlegg.

Programmet leste inn substratkonsentrasjon og målt initialreaksjon ved forskjellige tidspunkter underveis i inaktiveringsforsøkene ved forskjellige konsentrasjoner av inaktiveringagens og deretter tilpasset med en ikke-lineær regresjonsanalyse til en første- eller annens ordens eksponensialkurve. De kinetiske data ble så brukt videre for å karakterisere inaktiveringskinetikken.
Christophersen A, McKinley-McKee JS., INAKT--an interactive non-linear regression program for enzyme inactivation and affinity labelling studies. Int J Biomed Comput. 1984 Jan-Feb;15(1):61-8.

 

Proseq

Utenom enzymkinetiske programmer ble det også gjort mye modellering og programmering av et system for å analysere overlappende proteinsekvenssetninger beregnet ved aminosyresekvensering, hvor de forskjellige sekvenssetninger ble dannet med forskjellige proteinsplittingsteknikker.

Dessverre ble DEC10 stoppet før programmet ble ferdig og måtte kuttes ut av hovedoppgaven natten før trykking av manus i 1985. Pga. manglende støtte for setninger lenger enn 255 tegn i Pascal måtte prosjektet droppes, og det har ikke vært tid i senere år til å fullføre programmet, selv om Delphi 2006 fikk støtte for uendelig lange strenger. I dag er vel neppe proteinsekvensering lenger aktuelt pga. DNA-sekvensering har all fokus innen slik forskning.

 

 

 

Betalt eksternt arbeide (Program for analyse av blodklottingsdata fra COBAS Bio

Dette var et betalt programmeringsprosjekt hos Nycomed for å samle turbidimetriske data fra COBAS Bio og analysere tidsforløpet for protrombin tid behandlet med "Thrombotest" og "Normotest". Metoden ble også kalt "Normotest Automated".

Gogstad GO, Dahl KA, Christophersen A, Bjerke A, Turbidimetric determination of prothrombin time by clotting in a centrifugal analyzer. Clin Chem. 1986 Oct, 32(10): 1857-62

Referanser til artikler hvor Actireg og Acticalc har vært brukt

Hustvedt BE, Christophersen A, Johnsen LR, Tomten H, McNeill G, Haggarty P, Løvø A. Description and validation of the ActiReg: a novel instrument to measure physical activity and energy expenditure., Br J Nutr. 2004 Dec;92(6):1001-8.

Arvidsson D, Slinde F, Nordenson A, Larsson S, Hulthén L. Validity of the ActiReg system in assessing energy requirement in chronic obstructive pulmonary disease patients. Clin Nutr. 2006 Feb;25(1):68-74. Epub 2005 Oct 18.

Lillegaard IT, Andersen LF. Validation of a pre-coded food diary with energy expenditure, comparison of under-reporters v. acceptable reporters. Br J Nutr. 2005 Dec;94(6):998-1003.

Andersen LF, Pollestad ML, Jacobs DR Jr, Løvø A, Hustvedt BE. Validation of a pre-coded food diary used among 13-year-olds: comparison of energy intake with energy expenditure. Public Health Nutr. 2005 Dec;8(8):1315-21.

Rasmussen LB, Matthiessen J, Biltoft-Jensen A, Tetens I. Characteristics of misreporters of dietary intake and physical activity. Public Health Nutr. 2007 Mar;10(3):230-7.

Kurtze N, Rangul V, Hustvedt BE, Flanders WD. Reliability and validity of self-reported physical activity in the Nord-Trøndelag Health Study (HUNT 2). Eur J Epidemiol. 2007;22(6):379-87. Epub 2007 Mar 14.

Plasqui G, Westerterp KR.Physical activity assessment with accelerometers: an evaluation against doubly labeled water. Obesity (Silver Spring). 2007 Oct;15(10):2371-9. Review.

Hustvedt BE, Svendsen M, Løvø A, Ellegård L, Hallén J, Tonstad S. Validation of ActiReg to measure physical activity and energy expenditure against doubly labelled water in obese persons. Br J Nutr. 2008 Jul;100(1):219-26. Epub 2008 Jan 15.

Matthiessen J, Biltoft-Jensen A, Rasmussen LB, Hels O, Fagt S, Groth MV. Comparison of the Danish Physical Activity Questionnaire with a validated position and motion instrument. Eur J Epidemiol. 2008;23(5):311-22.

Kurtze N, Rangul V, Hustvedt BE, Flanders WD. Reliability and validity of self-reported physical activity in the Nord-Trøndelag Health Study: HUNT 1. Scand J Public Health. 2008 Jan;36(1):52-61.

Rangul V, Holmen TL, Kurtze N, Cuypers K, Midthjell K. Reliability and validity of two frequently used self-administered physical activity questionnaires in adolescents. BMC Med Res Methodol. 2008 Jul 15;8:47.

Berntsen S, Hageberg R, Aandstad A, Mowinckel P, Anderssen SA, Carlsen KH, Andersen LB. Validity of physical activity monitors in adults participating in free-living activities. Br J Sports Med. 2010 Jul;44(9):657-64. Epub 2008 Jul 15.

Copland L, Liedman B, Rothenberg E, Ellegård L, Hustvedt BE, Bosaeus I. Validity of the ActiReg system and a physical activity interview in assessing total energy expenditure in long-term survivors after total gastrectomy. Clin Nutr. 2008 Dec;27(6):842-8. Epub 2008 Sep 4.

Kurtze N, Rangul V, Hustvedt BE. Reliability and validity of the international physical activity questionnaire in the Nord-Trøndelag health study (HUNT) population of men. BMC Med Res Methodol. 2008 Oct 9;8:63.

Asserhøj M, Nehammer S, Matthiessen J, Michaelsen KF, Lauritzen L. Maternal fish oil supplementation during lactation may adversely affect long-term blood pressure, energy intake, and physical activity of 7-year-old boys. J Nutr. 2009 Feb;139(2):298-304. Epub 2008 Dec 17.

Arvidsson D, Slinde F, Larsson S, Hulthén L. Energy cost in children assessed by multisensor activity monitors. Med Sci Sports Exerc. 2009 Mar;41(3):603-11.

Arvidsson D, Slinde F, Hulthén L. Free-living energy expenditure in children using multi-sensor activity monitors. Clin Nutr. 2009 Jun;28(3):305-12. Epub 2009 Apr 3.

Brantsaeter AL, Owe KM, Haugen M, Alexander J, Meltzer HM, Longnecker MP. Validation of self-reported recreational exercise in pregnant women in the Norwegian Mother and Child Cohort Study.Scand J Med Sci Sports. 2010 Feb;20(1):e48-55. Epub 2009 Mar 31.

Arvidsson D, Slinde F, Hulthén L, Sunnegårdh J. Physical activity, sports participation and aerobic fitness in children who have undergone surgery for congenital heart defects. Acta Paediatr. 2009 Sep;98(9):1475-82. Epub 2009 Jun 1.

Biltoft-Jensen A, Matthiessen J, Rasmussen LB, Fagt S, Groth MV, Hels O. Validation of the Danish 7-day pre-coded food diary among adults: energy intake v. energy expenditure and recording length. Br J Nutr. 2009 Dec;102(12):1838-46. Epub .

Haakstad LA, Gundersen I, Bø K. Self-reporting compared to motion monitor in the measurement of physical activity during pregnancy. Acta Obstet Gynecol Scand. 2010 Jun;89(6):749-56.

Carlsen MH, Lillegaard IT, Karlsen A, Blomhoff R, Drevon CA, Andersen LF. Evaluation of energy and dietary intake estimates from a food frequency questionnaire using independent energy expenditure measurement and weighed food records. Nutr J. 2010 Sep 15;9:37.

Hobbyer

 

Min favoritthobby de senere årene, ved siden av fotografering og videofotografering, Slektsgransking! Men hvis du har interesse av å vite noe om mine andre hobbyer, så kan du jo se nærmere på min hobbybeskrivelse som inneholder en kort beskrivelse av mine andre hobbyer. En av aktivitetene er programlaging, også innen slektsforskning.

Viktigste aktivitet har vært drift av DIStreff og utviklingen av programmet for å produsere DIStreff-data, GEDtreff. Programmet GEDtreff er bygd opp på bakgrunn av flere programmer, derav et mot en database laget med Free Embedded NexusDB og to databaser i en lokal MySQL tjeneste og en server-del programmert i php og basert på MySQL. Kommunikasjon foretas ved hjelp av Indy

GEDtreff leser GEDCOM-filer eller DISBYT-filer, samler stedsdata som normaliseres til henholdsvis kjent sokn og kjent kommune for dette soknet om navnene på disse er forskjellige og lager så bidrag inneholdende navn koplet med sted, begivenhet i personens liv og årstall for begivenheten og dette komprimeres til tidslinje for hvert sokn og kommune registrert for personen.
Disse data utgjør så grunnlaget for at andre kan søke og få oversikt over hvem som forsker på samme person.

Ingen data for nålevende trekkes ut, dvs. folk over 100 år kan dog likevel komme med. Kriterie for avgjørelsen kan dog endres opp til 120 år.

DIStreff-tjenesten er ikke ment som kilde for avskrift, men for å være et søkeverktøy for å finne slektsforskere som muligens har allerede funnet personene du leter etter. Ved tilslag skal man derfor enten kontakte vedkommende som har avgitt data, eller benytte de viste data til å oppsøke primære kilder som burde nevne personen. Vi arbeider med algoritmer for å vurdere om kilden kan være en primær kilde eller bygdebok/DIStreff. (Data fra primære kilder vil vanligvis inneholde en dato i tillegg til årstall, mens få bygdebøker nevner dato, kun årstall. Der bygdebøkene inneholder dato kan man regne med at disse opplysninger stammer fra kirkebøker.

Hvordan komme i kontakt med meg?

Internet: alf.christophersen@medisin.uio.no
Arbeidsadresse: Avdeling for ernæringsforskning
Pb. 1046 Blindern
N-0316 Oslo

Besøksadresse: Institutt for medisinskke baalfag, Preklinisk bygning, Sognsvannsvn. 9, rom 2209 (bygning GA01 på kartet, rett nedenfor Rikshospitalet)

Telefon:
    Jobb:   2285 1350
    Privat: 3716 4209
Fax:
    Jobb:   2285 1532
    Privat: 3716 4209 (ring og avtal først!!!!)
             

Andre kart over kampus er tilgjengelig.


Created: Von anno dazumal :-) Last Updated: 09. september 2005 - 17:15