Cortinarius (Agaricales, Basidiomycota): Alignment of the ITS rDNA gene.
Rozites caperatus included in the alignment.
Gymnopilus sapineus is the outgroup taxon

DNA compatibility algorithm, version 3.57c

Aligment: Klaus Høiland and Arne Holst-Jensen

Name                                     Sequences
----                                     ---------

                                                                 v-ITS1       
GYMN SAP     AAAAGTCGTA ACAAGGTTTC CGTAGGTGAA CCTGCGGAAG GATCATTATT GAA-TAAACT
C. VIOLACEUS .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. OBTUSUS   ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??..?..... ...A...T.C
C. CINNAMOM  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??........ ...A.....C
C. CROCEUS   ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???....... ...A.....C
C. SANGUIN   ?????????? ?????????? ?????????? ???....... .......... ...A.....C
C. SEMISANG  .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. ULIGINOS  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ???....... ...A.....C
C. RUBELLUS  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????. .........C ...A.....A
C. LIMONIUS  ?????????? ?????????? ?????????? ???????... .......... ...A....TC
C. VIBRATIL  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??........ ..........
C. MULTIFORM ?????????. .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. VARIECOL  ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ????????TC
C. TRIVIALIS ?????????? ?????????? ?????????? ??????A... .......... ...A.....C
C. DELIBUTUS .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. PORPHYROP ?????????. .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. SCAURUS   ?????????? ?????????? ?????????? ?????????. .......... ...A.....C
C. PERCOMIS  ?????????? ??????.... .......... .......... .......... ...A....TC
C. ANOMALUS  ?????????. .......... .......... .......... .......... ...A.....C
ROZI CAP     ?????????? ?????????? ?????????? ?????????? ??..?..... ...A.....C
C. TRAGANUS  .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. ARMILLAT  .......... .......... .......... .......... .......... .........C
C. PALEACEUS .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. EVERNIUS  .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. BRUNNEUS  ????..S?.. .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. PHOLIDEUS .......... .......... .......... .......... .......... ...A.....C
C. ARMENIAC  .......... .......... .......... ......?... .......... ...A.....C
C. CALIFORN  ?????????? ????????.. .......... .......... .......... ...A.....C
C. GENTILIS  ?????????? ??????.... .......... .......... .......... ...A.....C

GYMN SAP     TGATGTGGTT GTAGCTGGCT CTCT--TGGG GGTA-TGTGC TCG-CCCGTC ATCTTTATAT
C. VIOLACEUS ....-AA... .CT....... ......A... A.C....... A.ACTTT... ..........
C. OBTUSUS   ....-AA... ..T.....T. ......C... A.C....... A.A..TT... ..........
C. CINNAMOM  ....-G.... .CT....... ......A... A.C....... A.A..TT... ..........
C. CROCEUS   ....-G.... .CT....... ......A... A.C....... A.A..TT... ..........
C. SANGUIN   ....-G.... ..T.....T. .GTGT.A... A.C....... A...-TT... .........-
C. SEMISANG  ....-G.... .CT....A.. ......C... A.C....... A.A..TT... ..........
C. ULIGINOS  ....-G.... .CT....... ......A... A.C....... A.A..TT... ..........
C. RUBELLUS  ....-A.... .CT.....T. ......A... .AC....... A.A..TT... ..T.......
C. LIMONIUS  ....-GA... .CT.....T. ....T.A... A.C....... A.AT.TT... ..........
C. VIBRATIL  ....-GA... .CT.....T. ..T..AA... AAC.C..... A.A..TT... ..........
C. MULTIFORM ....-GA... .CT.....T. ......A... A.C....... A.A..TT... ......G...
C. VARIECOL  ....-GA... ..T.....T. ......A... A.C....... A....AT... ..........
C. TRIVIALIS ....-GA... ..T.....T. ....CTA.A. A.C.T..... A....TT... ........G.
C. DELIBUTUS ....-GA... .CT.....T. ......A... AAC....... A.A..TT... G.T.......
C. PORPHYROP ....-GA... .CT....... ......A... A.C....... A.A..TT... ..........
C. SCAURUS   ....-GA... .CT....... ......A... A.C....... A.A..TT... ..........
C. PERCOMIS  ....-AA... ..T.....T. ......A... A.C....... A....TT... G.........
C. ANOMALUS  ....-G.... .CT.....T. T.T...AAT. AAC....... A.A...T..T ..........
ROZI CAP     ....-GA... .CT.....T. ......A... A.C....... A.A..TT... G.........
C. TRAGANUS  ....-G.... ..T....... ......A... A.C....... A.AC.TT... ..........
C. ARMILLAT  ....-G.... ..T....... .......... A.C....... A.AC.TT... ..........
C. PALEACEUS ....-G.... ..T.....T. ......A... A.C....... A..C.TT... ..........
C. EVERNIUS  ....-G.... ..T.....T. ...C..A... A.C....... A.AC.TT... ..........
C. BRUNNEUS  .....G.... ..T....... ......A... A.C....... A.AC.TT... ..........
C. PHOLIDEUS ....-G.... ..T....... ...C..A... A.C....... A..C.TT... ..........
C. ARMENIAC  ....-G.... ..T.....T. ......A... A.C....... A..C.TT--- ----------
C. CALIFORN  ....-G.... ..T.....T. ......A... A.C....... A..C.TT... ..........
C. GENTILIS  ....-G.... ..T....... ......A... A.C....... A..C.TT... ..T.....-.

GYMN SAP     ---TTCCACC T-GTGCACTT TTTGTAGATT T--AGATGTG ACTTT-C--- -T-GT-----
C. VIOLACEUS ...C.T...A ........C. C.......C. .T.G...A-- T......TGA A.........
C. OBTUSUS   ...C...... ........C. ......A..C ...GA..A-- T......TGA A....CTC..
C. CINNAMOM  ...C...... ........C. .........C ...G...AA- T......TGA A...CCT...
C. CROCEUS   ...C...... ........C. .........C ...G...A-- T......TGA A...CCT...
C. SANGUIN   ...C...... ........C. .........C ...G...A-- T......TGA A...CCT...
C. SEMISANG  ...C...... ........C. .........C ...G...A-- T......TGA A...CCT...
C. ULIGINOS  ...C...... ........C. .........C ...G...A-- T......TGA A...CCT...
C. RUBELLUS  ...C...... ........C. ........CC A..GA..A-- T......TGA A...CTT...
C. LIMONIUS  ..TC...... .T......C. ........CC ...G...A-- T..C...TGA G...CTTTT.
C. VIBRATIL  ...C...... CT......C. ........CC ...G....-- T..C...CGA G.G.CTTT..
C. MULTIFORM ...C.T.... ........C. ........CC .T.G.G.A-- T..C...TGG A.T.CTT...
C. VARIECOL  ...C...... ........C. ........CC ...G...C-- T..C...TGA A...CT....
C. TRIVIALIS ...C...... ........A. ........CC ...G...A-- ...C...TGA AAT.CC....
C. DELIBUTUS ...C.....T ........C. ........C. ...G...A-- TT.....TGA A...CCTTCG
C. PORPHYROP ...C...... ........C. ........CC ...G...A-- T..C...TGA G...CTT...
C. SCAURUS   ...C...... ........C. .........C ...G...A-- T..C...TGA GC..CTT...
C. PERCOMIS  TTTC...... .......TC. ........CC ...G...A-- C......TGA T...CT....
C. ANOMALUS  .........T ........C. ........CC ...G...A-- .G...T.TTA A...CTA...
ROZI CAP     .......... .T......C. ........CC ...G...A-- T..C...TGA A...CACAC.
C. TRAGANUS  ...C...... ........C. ........CC ...XXXXX-- ---...-XXX XX.XXXX...
C. ARMILLAT  .......... ........C. ........CC ...XXXXX-- ---CC..XXX XX.XXXX...
C. PALEACEUS ...C...... ........C. ........CC ...XXXXX-- ---...-XXX XX.XXXX...
C. EVERNIUS  ...C...... ........CC ........CC ...XXXXX-- ---CC.-XXX XX.XXXX...
C. BRUNNEUS  ...C...... ........C. ........CA ...XXXXX-- -......XXX XX.XXXX...
C. PHOLIDEUS ...C...... ........C. ........CC ...XXXXX-- ---.C..XXX XX.XXXX...
C. ARMENIAC  ...------- -.-------- ---------- -..XXXXX-- -----.-XXX XX.XXXX...
C. CALIFORN  ...C...... ........C. ........CC CT.G...A-T TT....TXXX XX.XXXX...
C. GENTILIS  ...C...... ........C. ........CC CAGG...A-- T......XXX XX.XXXX...

GYMN SAP     -GGCGACTCA G---TTG--- --GGAGGA-- ATGTCAATTC GTT--GG-CT TT-CCTTGT-
C. VIOLACEUS .---A.T... .G.T..T... ..-....... T..A.TT..T ---....T.. C......AC.
C. OBTUSUS   ..CAT.T... .G....T... ..-....... T..ATCT..T ---..--T.. .......AC.
C. CINNAMOM  ...-C.T... .G....T... ..-....... T..A.TT..T ---...-T.. .......AC.
C. CROCEUS   ...-C.T..G .G....T... ..-....... T..A.TT..- ---...-T.. .......AC.
C. SANGUIN   ...-C.T... .G....T... ..-.G..... T..A.TT.-- ---...CT.. .......AC.
C. SEMISANG  .-.-C.T... .G....T... ..-....... T..A.TT--- ---...-T.. .......AC.
C. ULIGINOS  ...-CGT... .G....T... ..-....... T..A.TT.-- ---...-T.. ...T...AC.
C. RUBELLUS  ..A-C.T.T. .....AT... ..-....... T..G.TGAG. CA.CT.-C.. .......AC.
C. LIMONIUS  .A.-C..... .G....T... .......... T..A.TT... T--...-T.. .......AC.
C. VIBRATIL  .---C...TG .G....T... ..-....... T..ATTT.AT T--...-T.. ..A....AC.
C. MULTIFORM .A.-C..... .GA...-... ..-....... T..A.TT.CT ---...-T.. C..T...AC.
C. VARIECOL  .A..C.T..G .GA...-... ..-....C.T T..A.TTCA. ---....T.. C......AC.
C. TRIVIALIS .AA.C.--.. .CAT..TAGG TT......AT T..A.TT.GT T--...-T.. .......AC.
C. DELIBUTUS TA..ATG... .G....T... ..-....... T..A.TT.CT T--...-T.. A...T..AC.
C. PORPHYROP .A..ACT... .G....T... ..-....... T..A.TT.AT T--...TT.. C...T..A..
C. SCAURUS   .A..A.T... .G....T... ..-....... T..A.TT.AT T--...-T.. C......AC.
C. PERCOMIS  .A.TC....- .G...AT... ..-.-..... T..A.TTGA. .--...-T.. C......AC.
C. ANOMALUS  .--GC.T.A. .G.T..T... ..-.G..... C..G.CT..- ---...-T.. ..T....TCT
ROZI CAP     .AAGC.T.TG .G....T... ..-....GG. T..A.TT..T T--....T.. CC..T..A..
C. TRAGANUS  .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X-- -X.X...XC.
C. ARMILLAT  .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X-- -X.X...XC.
C. PALEACEUS .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X-- -X.X...XC.
C. EVERNIUS  .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X.. .X.X...XC.
C. BRUNNEUS  .XX-XXXX.. .GTG.CT... ..-XXXX... X..XXTG.XX X--...-XA. .X.X...XC.
C. PHOLIDEUS .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X-- -X.X...XC.
C. ARMENIAC  .XX-XXXX.. .G...CT... ..-XXXX... X.CXXTTXXX X--...-X.. .X.XT..XC.
C. CALIFORN  .XX-XXXX.. TGG..CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X-- -X.X...XC.
C. GENTILIS  .XX-XXXX.. .GGG.CT... ..-XXXX... X..XXTTXXX X--...-X.. .X.X...XC.

GYMN SAP     ATGT-CCAAA TCTATGT-TT TTT--ATATA CTCC--A--G AAT-GT-AAT AGAAT-GT--
C. VIOLACEUS ..T....... .........C C...C..... .A.T..-..- T.....T.-. ..........
C. OBTUSUS   ..T..T..GG .T........ -...C..... .C.....A.. T.....T.-. ........T.
C. CINNAMOM  ..T.....GG C......T.. C...C..... .C......TT T.....T.-. ..........
C. CROCEUS   ..T.....GG C......T.. C...C..... .A......TT T.....T.-. ..........
C. SANGUIN   ..T.....G. C......T.. C...T..... .A......T. T.....T.-. ..........
C. SEMISANG  ..T.....GG C......... C...C..... .A......T. T.....T.-. ..........
C. ULIGINOS  ..T.....GG C......T.. C...C..... .C.-....TT T.....T.-. ..........
C. RUBELLUS  ..T..T..GG .......... C..CATA... .C..T.T.T. T.....T.-. ..........
C. LIMONIUS  C.T....CGG C......... C...C.A... .C.AA.TGT. T.....C.T. ..........
C. VIBRATIL  ..T.....GG .......... A--.C.A... TC..C..ATC T.....T.-. ........TT
C. MULTIFORM ..T.....GG .......... C...C....G .C.-T..AT. T.....TT.. ..........
C. VARIECOL  ..T.....GG C......... C...C..... .C.....AT. T.....CG-. ..........
C. TRIVIALIS ..T...T.GG .......TC. ...TC..... A..TT..TT. TG..A-.--. .T.....G..
C. DELIBUTUS ..TGT...GG .........- -..CA..... .C.....ATC T..T..AT-. ..........
C. PORPHYROP ..T.....GG C......... C...C..... .C.....TT. T.....T.-. ..........
C. SCAURUS   ..T.....G. C......... C...T..... .C.....AT. T.....C.-. ..........
C. PERCOMIS  ..T.....GG C......... C.A.C.C... .C.-A.CTTC T.C...T.-. ..........
C. ANOMALUS  ..TA.T.TGG .......... A...C..... .C.-T..AT. T.....T.-. ..........
ROZI CAP     ..T.....GG C......... C..TC..... .C.....CT- TG....T.-. .....T....
C. TRAGANUS  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C..C..AT. T.....C... ..........
C. ARMILLAT  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C..CC.AT. T.....T... ..........
C. PALEACEUS ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....T... ..........
C. EVERNIUS  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....T... ..........
C. BRUNNEUS  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. C.....C... ..........
C. PHOLIDEUS ..C..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....C... ..........
C. ARMENIAC  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....T... ..........
C. CALIFORN  ..TC.XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....T... ..........
C. GENTILIS  ..T..XXXXX XXXXXXX.XX XXX.XXXXX. .C.....AT. T.....C... ..........

                                                              v-5.8S          
GYMN SAP     A-TCAA-TAG GCCT----TG T-GCCT-ATA --AAACTATT AGTACAACTT TCAGCAACGG
C. VIOLACEUS .A.A..A... ....TTTT.. C.-.T...C. .....A-CC. .-........ ..........
C. OBTUSUS   ...-..ACG. ...CTT.... .....C.... ....---T.. .-........ ..........
C. CINNAMOM  .A.G..AA.. ....T..... ........C. ....--CC.. .-........ ..........
C. CROCEUS   .A.G..AAG. ....T..... ........C. ....--CC.. .-........ ..........
C. SANGUIN   .A.-.GTA.. ....T..... ........C. ....---CC. .-........ ..........
C. SEMISANG  .A.G..AAG. ....T..... ........C. ....---C.. .-........ ..........
C. ULIGINOS  .A.A..AAG. ....T..... ........C. ....--CT.. .-........ ..........
C. RUBELLUS  .A.G..A... ....T...G. .......... ....--CC.. .-........ ..........
C. LIMONIUS  .A.-..A.G. ..T.T..... ......T... ....---TC. .-........ ..........
C. VIBRATIL  .A.A.TA.G. ....T..... .......... .....--CC. .-........ ..........
C. MULTIFORM .A.T....G. ....T..... .......... ....---TC. .-........ ..........
C. VARIECOL  .A......-. ....T..... .......... ....---CC. .-........ ..........
C. TRIVIALIS ..----.--- -..CT...AT A.TAA..... ....---C-. .-........ ..........
C. DELIBUTUS .G.-...... ....T..... .......... ....--CT.. .-........ ..........
C. PORPHYROP .G.-..A... ....T..... .......... ....---CC. .-........ ..........
C. SCAURUS   .G.T....G. ....T..... .......... ....---TC. .-........ ..........
C. PERCOMIS  .A......-. ....T..... .......... .....-C... .-........ ..........
C. ANOMALUS  .A.-..T.G. ....T...-. .......... ....---C-. .-........ ..........
ROZI CAP     .A.A..A.G. ....T..... .......G.. ....G--C-. .-........ ..........
C. TRAGANUS  XXX-XXXXXX XXXXX..... .......... .....--TC. .-........ ..........
C. ARMILLAT  XXX-XXXXXX XXXXX..... ...T...... .....--TC. .-........ ..........
C. PALEACEUS XXX-XXXXXX XXXXX..... .......... .T..---TA. .-........ ..........
C. EVERNIUS  XXX-XXXXXX XXXXX..... ...A...... .T...-ATC. .-........ ..........
C. BRUNNEUS  XXX-XXXXXX XXXXX..... ...T...... ...----TA. .-........ ..........
C. PHOLIDEUS .XX-XXXXXX XXXXX..... .........G .....--T.. .-........ ..........
C. ARMENIAC  XXX-XXXXXX XXXXX..... ...A...... .....--.C. .-........ ..........
C. CALIFORN  .XX-XXXXXX XXXXX..... .........G .....--TC. .-........ ..........
C. GENTILIS  XXX-XXXXXX XXXXX..... .....C...G AT...AATC. .-........ ..........

GYMN SAP     ATCTCTTGGC TCTCGCATCG ATGAAGAACG CAGCGAAATG CGATAAGTAA TGTGAATTGC
C. VIOLACEUS .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. OBTUSUS   .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. CINNAMOM  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. CROCEUS   .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. SANGUIN   .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. SEMISANG  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. ULIGINOS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. RUBELLUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. LIMONIUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. VIBRATIL  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. MULTIFORM .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. VARIECOL  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. TRIVIALIS .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. DELIBUTUS .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. PORPHYROP .......... .......... .......... .......... ..T....... ..........
C. SCAURUS   .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. PERCOMIS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. ANOMALUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
ROZI CAP     .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. TRAGANUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. ARMILLAT  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. PALEACEUS .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. EVERNIUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. BRUNNEUS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. PHOLIDEUS .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. ARMENIAC  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. CALIFORN  .......... .......... .......... .......... .......... ..........
C. GENTILIS  .......... .......... .......... .......... .......... ..........

GYMN SAP     AGAATTCAGT GAATCATCG AATCTTTGAA CGCACCTTGC GCCCCTTGGT ATTCCGAGGG
C. VIOLACEUS .......T.. ......... .......... .......... A.T....... .........A
C. OBTUSUS   .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. CINNAMOM  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. CROCEUS   .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. SANGUIN   .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. SEMISANG  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. ULIGINOS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. RUBELLUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. LIMONIUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. VIBRATIL  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. MULTIFORM .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. VARIECOL  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. TRIVIALIS .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. DELIBUTUS .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. PORPHYROP .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. SCAURUS   .......... ......... .......... .......... ..T....... ....T....A
C. PERCOMIS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. ANOMALUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
ROZI CAP     .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. TRAGANUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. ARMILLAT  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. PALEACEUS .......... T........ .......... .......... ..T....... .........A
C. EVERNIUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. BRUNNEUS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. PHOLIDEUS .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. ARMENIAC  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. CALIFORN  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A
C. GENTILIS  .......... ......... .......... .......... ..T....... .........A

                                      v-ITS2                                  
GYMN SAP     GCAT-GCCTG TTTGAGTGTC ATTAAATT-C T----C-AAC CTT-ACTAG- CTTTTATGAG
C. VIOLACEUS .T..G..... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-.AG .....--.CT
C. OBTUSUS   .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-... .....T-.CA
C. CINNAMOM  .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.C..G G....TGACT
C. CROCEUS   .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.C..G -....TGACT
C. SANGUIN   .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.-..G -....T-ACT
C. SEMISANG  .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.-..G -....T-ACT
C. ULIGINOS  .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.-..G -....T-.CT
C. RUBELLUS  .......... .......... .....TA.AA .........- -.CTCA..AG .....T..CT
C. LIMONIUS  .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-.A. ...----.CT
C. VIBRATIL  .......... .......... .....TA..A .AT....... ..CTT.-... .C...T..CT
C. MULTIFORM .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT----. -.-----.--
C. VARIECOL  .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-... .....--.CT
C. TRIVIALIS .......... .......... .....TA..A .......... ..CTTT..A. A....--.--
C. DELIBUTUS .......... .......... .....T-..A .A........ T.CTT.-... .....G..CT
C. PORPHYROP .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-.A. ....------
C. SCAURUS   .......... .......... .....TA..A .AT....... ..CT.AC.A. .....--.TT
C. PERCOMIS  .......... .......... .....TA..A .......... ...TT.-.A. A....--.TT
C. ANOMALUS  .......... .......... .....TA..A .......... ..CTT.-... .....--.CT
ROZI CAP     .......... .......... .....TA..A .......... ..CCT.-.A. ...----.T-
C. TRAGANUS  .......... .......... .....TA..A .ATAT..... ..-.T.-XXT ...-X--XX-
C. ARMILLAT  .......... .......... .....TA..A .AT....... .CACT.-XX. X..-X--XX-
C. PALEACEUS .......... .......... .....TA..A .......... ...CT.-XX. X..-X--XX-
C. EVERNIUS  .......... .......... .....TA..A ......A... .C.CT.-XX. X..-X--.TT
C. BRUNNEUS  .......... .......... .....TA.TA .ATAT.G... .C-.T.-XX. X...X--XXT
C. PHOLIDEUS .......... .......... .....TA..A .ATAT.A... .C-.T.-XX. X...X--XX-
C. ARMENIAC  .......... .......... .....TA..A .AT....... ...CT.-XX. X...X--XX-
C. CALIFORN  .......... .......... .....TA..A .AT....... ..CTT.-XX. X...X--XX-
C. GENTILIS  .......... .......... .....TA.TA .ATAT.A... .C-.T.-XX. X...X--XXT

GYMN SAP     CAATGTAATG GCTTGGATG- TGGGGG--TC TTTTTTTGCT GGCGG----- CGAAAGAAAT
C. VIOLACEUS TGTC-G.G.. -T......T. .....-..-- ---..G.... ..TCTT.ATT TTCTGA.GG.
C. OBTUSUS   TGT.-G.G.. --........ .........A .......... ..ACTCTTGA ATCT-..GG.
C. CINNAMOM  TGTC-G.G.. -T........ ........-- -.C....... ..TCTCTTTT -----..GG.
C. CROCEUS   TGTC-G.G.. -T........ ........-- -.C....... ..TCTCTTTT -----..GG.
C. SANGUIN   TGTC-G.G.. -T........ ........-T C.C....... ..TCTCTTTT -----..GT.
C. SEMISANG  TGTC-G.G.. -T........ ......G.-T .......... ..TCTCTGTT -----..G..
C. ULIGINOS  TGTC-G.G.. -T........ ........-T ..C....... ..TCTCTTT. -----..GG.
C. RUBELLUS  TCT.-G.G.. -T........ .T....G..- A..A...... ...CT..... -------GG.
C. LIMONIUS  TGT.-G.G.. -T.......G .T....GG.. A......... ..TC.CTTTC .T---...G.
C. VIBRATIL  TGC.TG...T .T........ ........-T ........T. ...TTCTAC. ---G...GG.
C. MULTIFORM -GT.-GG... ---...---. --.---..-- ----...... ...CTCTT.. -----..GG.
C. VARIECOL  .GT.-G.G.. --........ ......G... .......... ..TCTTCTC. ------.G..
C. TRIVIALIS -.---G.G.. -T........ .........G ..A....... ...CTTTTCT ----.A.GS.
C. DELIBUTUS TGT.-G.G.. --........ ........-- .......... ...CTTTTCT ----GA.GG.
C. PORPHYROP -GT.-G.G.. --........ ......GT.T .......... ...CTCTCTC TCT--..GT.
C. SCAURUS   TGT.-G.G.T .-........ ........-- --C.C..... ...TTCTCT. -----..GG.
C. PERCOMIS  TGT.-G.G.. --......A. ........-T C.C....... ..TCTTTCT. -----A.GG.
C. ANOMALUS  TGT.-G.G.. --........ ......G.-T C--....... ...CTTTTTT T---...GG.
ROZI CAP     -GT.-G.G.. --........ .......T.. ...C...... ...TTCAC.. -------GG.
C. TRAGANUS  -GT.TG.G.. .T........ ........-- -XXX...... ...TTCTTX. --...AGGG.
C. ARMILLAT  -GT.-G.G.. .T........ ...A..G.-- -XX....... ...T.CTTX. --...AGG-.
C. PALEACEUS -GT.-G.G.. .T........ ........-- -XXX...... ...CTCTTX. --...A.GG.
C. EVERNIUS  TGT.-G.G.. .T........ ........-- -XXX....T. ...CTCGTX. --...AGGG.
C. BRUNNEUS  T-T.-G.G.. .T........ .....-..-- -XXX-..... ...CTCTTX. --G...GGG.
C. PHOLIDEUS -GT.-G.G.. .......... ...A....-- .......... ...CTCTTX. --...AGG-.
C. ARMENIAC  -.C.-G.G.. .T........ ........-- -XXX...... ...CTCTTX. --.T.TG.G.
C. CALIFORN  -GT..A.G.. .T........ ......G.-- -XXX...... ...CTTTTX. --...AGG-.
C. GENTILIS  T-C.-G.G.. .T........ ........-- -XXX--.... ...CTCTTX. --G...GGG.

GYMN SAP     --CAGCT-CC CCTAAAA-TC TATTAGCTGG TGCCCCC-G- TGTGGAC-T- ATCT-AC-TG
C. VIOLACEUS .......... ...G.....G .......-A. AA.AATT.-. ...T....C. G.TC..T..A
C. OBTUSUS   .......... .........G C..C...-.A AA.AATT.-. ...TT...C. GCTC..T...
C. CINNAMOM  ...G...... .........G C......-.. AA.AATT.-. ...T...CC. G.TC..T...
C. CROCEUS   ...G...... .........G C......-.. AA.AATT.-. ...T...CC. G.TC..T...
C. SANGUIN   .......... ...G.....G C......G.. AA.AATT.-. ...T...TC. G.TC..T...
C. SEMISANG  ...G...... ...G.....G C......-.. AA.AATT.-. ...T...CC. G.TC..T...
C. ULIGINOS  ...T...... .........G C......-.. AA.AATT.-. ...T...CC. G.TC..T...
C. RUBELLUS  .......... ...G.....G C......-.. AA.AATT.-. ...T..T.C. G.TC..T...
C. LIMONIUS  .......... ...G.....G C......-A. AA.AATT.-. -......CC. G.TC..T...
C. VIBRATIL  ....A..... .........G .......-A. AA.GATT.-. ...T..TCCT G.TC..T...
C. MULTIFORM .CT......T ...C.....G C......-T. A-.AATATTT ..-CC.AAC. G.TC..T...
C. VARIECOL  .......... ...G.....A C......-.. AA.AATT.-. ......T.C. G.TC..T...
C. TRIVIALIS .......... ...G.....G .......-.. AA.AATT.-. ...T....C. G.TC..T...
C. DELIBUTUS .C....A... .........G C......-.. AA.AATT.-. ...T...... G.TC..T...
C. PORPHYROP .......... ...G.....A C......-.. AA.AATT.-. -------... G.TC..TT..
C. SCAURUS   ........-. ...G.....- C......-A. AA.A-T..-. ------.CC. G.TC..T...
C. PERCOMIS  .......... ...G.....G .......-.. AA.AATT.-. -.......C. G.T...T...
C. ANOMALUS  ........T. .......T.T .......-.. AA.AATT.-. ...T....C. G.TC..T...
ROZI CAP     .......... ...G.....G C......-.. AA.AA...-. ...TC..... G.TC..T...
C. TRAGANUS  .T........ T..G.....G C......-A. AA.AA...-. ..---XX.X. -.TC..T...
C. ARMILLAT  GC........ T..G.....G C.....T-.. AA.AA...-. ...CCXX.X. ..TC..T...
C. PALEACEUS TTT......T ...G.....G C......-A. AA.AA..C-. ..---XX.X. -.TC..T...
C. EVERNIUS  .T........ T..G.....G C......-A. AA.AA..C-. ..---XX.X. -.TC..T...
C. BRUNNEUS  ........T. ...G.....G C......-A. AA.AG...-. ...TCXX.X. G.TCC.T...
C. PHOLIDEUS .C........ T..G.....G C......-A. AA.AG...-. ...TCXX.X. ..TC..T...
C. ARMENIAC  .T........ ...G.....G C......-A. AA.AA...-. C.---XX.X. -.TC.GT...
C. CALIFORN  .......... ...G.....G C......-A. AA.AA...-. ..---XX.X. -.TC..T...
C. GENTILIS  .......T.. ...G.....A C......-A. AA.GA...-. ...TTXX.X. G.TC..T...

GYMN SAP     GTGTGATAAT -TATCTATGC CGTTAG-ATG TCTGCTT--- TAAA-TAGGG -AT-GTGCTG
C. VIOLACEUS A........C .......CAT TAA.TC.... .--.T--... G.GG.C..TA .G.TCA...-
C. OBTUSUS   .C.......C .......C.. TA..GA.CG. .------... G..G.C.T-- TG.TTA...-
C. CINNAMOM  .........C .......C.. TT..GA.-G. .------... G....C..-- .G.TCA...-
C. CROCEUS   .........C .......C.. TT..GA.C-. .------... G....C..-- .G.TCA...-
C. SANGUIN   .........C .......C.. TA..GA.C-. .------... G...TC..-- .C.TCC...-
C. SEMISANG  .........C .......C.. TA..GA.C-. .------... G..G.C..-- .G.TCA...-
C. ULIGINOS  .........C .......C.. TT..G-.TG. .------... G....C..-- .G.TCA...-
C. RUBELLUS  .........C .......C.. TA..GA.C-. .------... G..GGC...- .G.TCA...-
C. LIMONIUS  .........A .......C.. TA..GA.C-. .------... ...G.C.--- .G.TCA...-
C. VIBRATIL  .......... .......... TA..GA.CA. G------... A..G.C.A-- .G.TCA...-
C. MULTIFORM .......... .......C.. TA..GA.C-. .------... G..G.C..-- .G.TTA...-
C. VARIECOL  .........C .......C.. TA..GA.C-. .------... G..G.C..-- .G.TCA...-
C. TRIVIALIS ........GC A......C.. TA..GA.C-. .------... G..G.C.A-- .G.TCA...-
C. DELIBUTUS .......... ......GC.. TA..GAAC.. .------... G.GG.C.A-- .G.TCA...-
C. PORPHYROP .C........ .......... TA..GA.C-A .------... G..G.C.--- .G.TCA...-
C. SCAURUS   .........C ......-C.. TA..-A.C-. .------... G..G...--- .G.TTG...-
C. PERCOMIS  .........C .......C.. TA...A.C-. .------... G..G.C..-- .G.TCA...-
C. ANOMALUS  .......... .......C.. TA..GA.C-. .------... G.GG.C.--- .G.TCA...-
ROZI CAP     .C.......C .......C.. T.C.--.-.. .-..-ACAGT G..G.C.A-- .G.TCA...-
C. TRAGANUS  .C.......C .......... TA..GAAT-A .-----CA.. GGGGGC.--- .G.TCA...T
C. ARMILLAT  .........C .......C.. T...GAAT-. .------... G.GG.C.--- .G.TCA...A
C. PALEACEUS .......... C......C.. TA..GAAT-. .--.---... A.GGGC.--- .G.TCG...T
C. EVERNIUS  .........C .......C.. TA..GAAT-. .--.---... .GGGGC.--- .G.TCA...T
C. BRUNNEUS  .........C .......C.. TA..GAATGA .------... G..GGC.A-- .G.TCA...T
C. PHOLIDEUS .........C ......GC.. TA..GAAT-. .------... GGGG.C.--- .G.TCA...T
C. ARMENIAC  .C.......C .......C.. TA..GAAT-. .--.---... AGGGAC.--- .G.TCA...T
C. CALIFORN  .........C .......C.. TA..GAACA. .------... G..GGC.--- .G.TCA...T
C. GENTILIS  .........C .......C.. TA..GAAC-. .------... G..GGC.--- .G.TCA...T

                                                               v-28S
GYMN SAP     CTTCTAATTG TCCACTTA-- -GGACA---- -CTTAT-TGA C--T--ATTT GACCTCAA??
C. VIOLACEUS TC.T-..CA. ....T-G.CT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........??
C. OBTUSUS   .C.--..CA. ....T.A.CT T.....AA.C CTC.--..AT -....A..G. ........AT
C. CINNAMOM  TC.--..CA. ....T.G.TT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........AT
C. CROCEUS   TC.--..CA. ....T.G.CT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........AT
C. SANGUIN   TC.--..CA. ....T.G.CT T.....AAA. .T..--.CAT -....A..G. ........AT
C. SEMISANG  TC.--..CA. ....T..TCT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........AT
C. ULIGINOS  TC.--..CA. ....T.G.CT T.....A..T T...--.CAT -....A..G. ........AT
C. RUBELLUS  TC.--..C.. ....T.G.CT T.....AA.. T...--.CAT -....A..G. ........AT
C. LIMONIUS  TC.--..CA. .T..T.G.CT T.....A... .--....CAT -....A..G. ........AT
C. VIBRATIL  TC.--...A. ....T.G.CT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........AT
C. MULTIFORM TC.--..CA. ....T.G.CT T.....GA.T TTC...T.AT -....A..G. ........AT
C. VARIECOL  TC.--..CA. ....T.G.CT T.....AA?? ?????????? ?????????? ??????????
C. TRIVIALIS TA.--..CA. ....T.G.CT T.....A.TT CTC...T.AT -....A..G. ........AT
C. DELIBUTUS TC.--...G. ....T.G.CT T.....A... TT....T.AT T....A..G. ........AT
C. PORPHYROP TA.--..CA. ....T.G.CT T.....A... TT......AT TAT..A..G. ........AT
C. SCAURUS   TA.--..CA. ....T.-.CT T.....AA.. TT..--.CAT -....A..G. ........AT
C. PERCOMIS  TC.--..CA. ....T.C.TT T...G.AA.. TTC.--..AT -...AA..G. ........AT
C. ANOMALUS  TC.--..CA. ....T.G.CT T.....G... TT..--.CAT -....A..G. ........AT
ROZI CAP     TC.--..CA. ....T.A.AT T.....AA.. TT..--..AT -....A..G. ........AT
C. TRAGANUS  TC.--..CA. ...XT.XXXX ......A... .T.....CAT T.......G. ........AT
C. ARMILLAT  TC.--..CA. ...XT.XXXX ......AA.. .......CAT T....A..G. ........AT
C. PALEACEUS TC.--..CA. ...X..XXXX A.....AAA. ...C...CAT -....A..G. ........AT
C. EVERNIUS  TC.--...G. ...XT.XXXX T.....AA.T AT.....CAT T.......G. ........A?
C. BRUNNEUS  TC.--..CC. ..-XT.XXXX T.....A... .T.....CAT .TA.....G. ........AT
C. PHOLIDEUS .C.--..CA. ...XT.XXXX T.....A... .T.C...CAT TT......G. ........AT
C. ARMENIAC  TC.--..CA. ...XT.XXXX ......A... .......CAT T.......G. ........AT
C. CALIFORN  ...--..CA. ...XT.XXXX ......A... .T.....CAT T.......G. ........AT
C. GENTILIS  .C.--..CA. ..TXT.XXXX ......A... .T.....CA. ........G. ........AT

GYMN SAP     ?????????? ?????????? ??????
C. VIOLACEUS ?????????? ?????????? ??????
C. OBTUSUS   CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTGA
C. CINNAMOM  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTT.A
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C. SANGUIN   CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. SEMISANG  CAGGTAGGAC TACC?????? ??????
C. ULIGINOS  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
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C. VIBRATIL  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTT??
C. MULTIFORM CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. VARIECOL  ?????????? ?????????? ??????
C. TRIVIALIS CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. DELIBUTUS CAGGT????? ?????????? ??????
C. PORPHYROP CAGGT????? ?????????? ??????
C. SCAURUS   CAGGTAGGAC TACCCG???? ??????
C. PERCOMIS  CAGGT????? ?????????? ??????
C. ANOMALUS  CAGGTAGGAC TACCCGCT?? ??????
ROZI CAP     CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTGA
C. TRAGANUS  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. ARMILLAT  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. PALEACEUS CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. EVERNIUS  CAGGTAGGAC TACCCGCT?? ??????
C. BRUNNEUS  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. PHOLIDEUS CAGGTAGGAC TACCCGCTGA ACTTAA
C. ARMENIAC  CAGGT????? ?????????? ??????
C. CALIFORN  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA A?????
C. GENTILIS  CAGGTAGGAC TACCCGCTGA A?????